Siempre había utilizado Automatix para instalar el SDK de Java (hasta que advirtieron lo peligroso que era usar este software) ya que, por algún motivo, el binario de la pagina de Sun no se instalaba de la manera que me gusta que se instale (como parte del sistema, no para mi usuario). Leyendo Ubuntu Geek explican el método correcto para instalar Java junto con Eclipse y que ambos corran eficientemente (haciendo uso del Java de Sun y no la versión GNU), me tomé la molestia de traducir el post:

Para instalar Eclipse y Java en Ubuntu ejecutamos el siguiente comando en la terminal:

sudo apt-get install eclipse sun-java6-jdk

Esto descargará de Internet los paquetes requeridos y los instalará en tu computadora, pero Eclipse se ejecutara muy lento, esto es debido a que estará haciendo uso de la versión GNU de Java en lugar de la oficial de Sun, para corregir esto introducimos el comando:

sudo update-java-alternatives -s java-6-sun

Ahora, editamos el archivo de configuración JVM (Java Virtual Machine)

sudo -b gedit /etc/jvm

Y agregamos la siguiente línea al principio del archivo:

/usr/lib/jvm/java-6-sun

Existe un bug (fallo) en Eclipse que ignora la configuración java-common de Ubuntu (bug 45347); para evitarlo tenemos que editar el archivo java_home de Eclipse:

sudo -b gedit /etc/eclipse/java_home

Y agregar al principio del archivo la línea:

/usr/lib/jvm/java-6-sun

Por último, si tienes mucha memoria RAM quizá quieras incrementar el tamaño de la pila (precaución: si incrementas este valor demasiado partes de Eclipse estarán constantemente leyendo la swap), la configuración puede ser alterada editando el archivo eclipse.ini:

sudo -b gedit /usr/lib/eclipse/eclipse.ini

El argumento Xms refiere al tamaño mínimo de la pila, el parámetro Xmx refiere al tamaño máximo de la pila.